После прошивки платы Arduino, через внешний программатор, она престала прошивается через USB (последовательный порт). После записи загрузчика НЕ НУЖНО проверять плату, загрузив любой скетч через программатор, а то загрузчик сотрется. Поэтому после записи загрузчика нужно просто отсоединить программатор и использовать внутренние механизмы платы или внешние USB TTL конверторы